miércoles, 20 de octubre de 2021

UNA NUEVA MANERA DE CREAR MOLÉCULAS ORGÁNICAS

Este 6 de octubre se entregó el premio Nobel de química a dos científicos, el escocés David W.C. McMillan y el alemán Benjamin List, por nada más y nada menos que hallar la manera de desarrollar moléculas para hacer de todo, desde medicamentos hasta saborizantes de alimentos, y de una manera más ecológica, precisa y segura.

La fabricación de muchos productos de nuestro alrededor necesitan un catalizador, que estimula y acelera las reacciones químicas. Durante mucho tiempo, se ha considerado que solo había dos tipos de catalizadores disponibles: metales y enzimas (proteínas que favorecen y regulan las reacciones químicas en los seres vivos) pero Benjamin List y David MacMillan fueron capaces, cada uno de forma independiente de desarrollar un tercer tipo utilizando pequeñas moléculas orgánicas, y se llama organocatálisis asimétrica. 

Este descubrimiento no ha pasado desapercibido para la Real Academia de las Ciencias de Suecia, que ha galardonado su descubrimiento con el Premio Nobel de Química 2021. "Este concepto de catálisis es tan simple como ingenioso, y el hecho es que mucha gente se ha preguntado por qué no habíamos pensado en ello antes", afirma Johan Åqvist en un comunicado, presidente del Comité del Nobel para Química. El jurado consideró que la organocatálisis asimétrica era “una herramienta nueva e ingeniosa para la construcción de moléculas”, que también ha ayudado en el desarrollo de plásticos, perfumes y sabores.

Las enzimas son moléculas grandes, con multitud de protuberancias, aunque realmente solo una pequeña parte de su estructura interviene en la reacción química. Lo que List intentó era lograr la misma reacción usando solo la pequeña parte de la enzima que interviene en el proceso de catálisis: un aminoácido llamado prolina; y funcionó.

La rápida expansión en el uso de catalizadores orgánicos se debe principalmente a su capacidad para impulsar la catalisis asimétrica. Cuando se construyen moléculas, a menudo ocurren situaciones en las que se pueden formar dos moléculas diferentes, que, al igual que nuestras manos, son la imagen especular de la otra. Los químicos a menudo solo querrán uno de estos, particularmente cuando producen productos farmacéuticos.

La organocatálisis asimétrica permite producir selectivamente una sola versión de la molécula deseada. MacMillan descubrió varios catalizadores orgánicos capaces de producir la versión correcta en el 90% de los casos. El investigador británico fue el que nombró esta nueva forma de catálisis.

Los catalizadores orgánicos tienen un número estable de átomos de carbono, al que se pueden unir grupos químicos más activos. Estos a  menudo contienen elementos comunes como oxígeno, nitrógeno, azufre o fósforo, y esto significa que son ecológicos y económicos de producir.

Los estudios de estos dos científicos originaron todo un nuevo campo para generar moléculas orgánicas a partir de otras moléculas orgánicas. Gracias a esta forma de sintetizar moléculas se evita el impacto de la extracción de metales y se abaratan los costes, haciendo que esta nueva forma sea más ecológica y económica.

Fuentes: Onda Cero, RTVE, El País y National Geographic

LA PROTEÍNA NCAM2 Y SU IMPORTANCIA EN EL APRENDIZAJE COGNITIVO

Antes de empezar me gustaría explicar que es una proteína y que es el aprendizaje cognitivo.

Una proteína es una molécula orgánica que forma parte de la estructura de las membranas celulares y es el constituyente esencial de las células vivas y realiza muchas funciones importantes en los seres vivos.

El aprendizaje cognitivo es el cúmulo de conocimientos adquiridos durante la vida  de un individuo o animal. Es el aprendizaje basado en la experiencia que hacemos con esta información.

Ahora os voy a hablar sobre la molécula NCAM2, que es una glicoproteína que pertenece a la familia de las inmunoglobulinas, esta molécula es muy importante en el proceso de la formación de la corteza cerebral, según redacta un trabajo publicado en la revista Cerebral Cortex. Así, el déficit de la proteína NCAM2 origina una migración errónea de las neuronas y altera la morfología, el citoesqueleto y la funcionalidad de estas células del sistema nervioso central.

La glicoproteína NCAM2 es una molécula de adhesión que está presente en todos los vertebrados con una función importante en la organización de los circuitos neuronales del sistema nervioso central. Este factor se expresa sobre todo en el cerebro (desde los estadios embrionarios hasta la fase adulta) y más especialmente en el bulbo olfatorio. Generalmente, todos los estudios se habían centrado en el bulbo olfatorio y mostraban el papel clave de la proteína en las sinapsis neuronales y en la compartimentación entre axones y dendritas en las neuronas.

Otros estudios recientes han demostrado la implicación de NCAM2 en la formación y crecimiento de neuritas en neuronas corticales, en la pérdida de sinapsis en neuronas hipocampales.

El nuevo trabajo describe por primera vez la función de NCAM2 y los fenotipos vistos en el desarrollo del córtex y el hipocampo, un proceso bastante complejo y regulado por muchas proteínas. «En el estudio redactamos que una pérdida de NCAM2 da lugar a una migración y un érroneo posicionamiento de las neuronas.

En un nuevo estudio sobre neurobiología del cerebro se sacaron unas conclusiones; la isoforma NCAM2.1 interacciona de forma directa o indirecta con el citoesqueleto celular y modula la dinámica de sus componentes.
Así, el déficit de NCAM2 provoca la retracción de las dendritas que existen y alteraría el citoesqueleto celular.
NCAM2.1 también puede  interactuar con varias proteínas que pueden regular la estabilidad del citoesqueletoNCAM2.1 también es un factor necesario en el proceso de polarización neuronal para que las estructuras en formación fuesen estables.

La proteína NCAM2 tiene un patrón de expresión característico de las proteínas involucradas en morfogénesis neuronal y sinaptogénesis. Una pérdida de esta proteína a escala genómica o proteínica podría dar lugar a alteraciones neuronales en algunas etapas del desarrollo. En este contexto, algunos genetistas dicen que la pérdida de NCAM2 podría ser el origen de alteraciones cognitivas en pacientes con espectro de autismo o con problemas de neurodesarrollo.





¿QUE ESCONDEN LAS CÉLULAS DE LOS DINOSAURIOS?

Un equipo de científicos del Instituto de Paleontología y Paleoantropología de Vertebrados (IVPP) de la Academia de Ciencias de China y el Museo de la Naturaleza de Shandong Tianyu (STM) aislaron células de cartílago perfectamente conservadas de un dinosaurio de 125 millones de años del noreste que contiene núcleos con residuos de moléculas orgánicas y cromatina. El estudio fue publicado en Communication Biology el 24 de septiembre.

El dinosaurio, llamado Caudipteryx, era un omnívoro del tamaño de un pavo real con largas plumas en la cola.

Vagaba por las orillas de los lagos poco profundos de Jehol Biota en la provincia de Liaoning durante el Cretácico Inferior.

Li Zhiheng, profesor asociado de IVPP y coautor del estudio, dijo:

“Los datos geológicos se han acumulado a lo largo de los años y han demostrado que la preservación de fósiles en la Biota de Jehol fue excepcional debido a las finas cenizas volcánicas que sepultaron los cadáveres y los preservaron hasta el nivel celular".

Los científicos extrajeron un trozo de cartílago articular distal del fémur derecho de este espécimen, lo descalcificaron y utilizaron diferentes métodos microscópicos y químicos para analizarlo. Se dieron cuenta de que todas las células habían sido mineralizadas por silicificación después de la muerte del animal. Esta silicificación es probablemente la que permitió la excelente conservación de estas células.

También descubrieron dos tipos principales de células: células sanas en el momento de la osificación y células no sanas que eran porosas y osificadas durante el proceso de muerte. “Es posible que estas células ya estuvieran muertas antes de que el animal muriera”, dijo Alida Bellol, profesora asociada del IVPP y autora correspondiente de este estudio.

La muerte celular es un proceso natural a lo largo de la vida de todos los animales. Pero la posibilidad de colocar una célula fosilizada en un lugar específico del ciclo celular es completamente nueva en paleontología. Este es uno de los objetivos de los científicos del IVPP: mejorar las imágenes celulares en fósiles.

Además, el equipo aisló algunas células y las tiñó con una sustancia química utilizada en laboratorios biológicos de todo el mundo. Se sabe que esta sustancia química púrpura, llamada hematoxilina, se une a los núcleos de las células. Después de teñir el material de dinosaurio, una célula de dinosaurio mostró un núcleo morado con algunos hilos morados más oscuros. Esto significa que la célula de dinosaurio de 125 millones de años tiene un núcleo tan bien conservado que conserva algunas de las biomoléculas y hebras de cromatina originales. La cromatina de las células de todos los organismos vivos de la Tierra está formada por moléculas de ADN muy compactas.

Alida Bellol dijo: “Estamos interesados en el núcleo celular fosilizado porque ahí es donde debería estar la mayor parte del ADN si se conservara”.

El equipo insiste en que necesitan hacer muchos más análisis e incluso desarrollar nuevos métodos para comprender los procesos que pueden permitir la conservación de biomoléculas en células de dinosaurio, porque nadie ha secuenciado con éxito ningún ADN de dinosaurio.

Aunque se deben recopilar más datos, este estudio definitivamente muestra que las células de dinosaurios fósiles de 125 millones de años no pueden considerarse 100% roca. No están completamente "petrificados". En cambio, todavía contienen restos de moléculas orgánicas. Ahora, es vital averiguar con precisión qué son estas moléculas, si retienen información biológica y restos de ADN.

¿SE PUEDE HACER MÚSICA CON LAS PROTEÍNAS?

Si te lo estás preguntando tras ver el título, la respuesta es que sí, pero antes de empezar a hablar sobre como eso es posible he de explicar. ¿Qué es una proteína?

Una proteína es una molécula orgánica que realiza la mayor parte de los procesos (de todo tipo estructurales,  de transporte, inmunitarios, metabólicos, …). Estas están formadas por cadenas de aminoácidos.

Yu Zong Chen, profesor del departamento de farmacia de la Universidad Nacional de Singapur y Peng Zhang, han llevado la innovación al siguiente nivel, creando melodías basadas en la estructura de las proteínas. Su investigación se publica en Heliyon.

Convertir la estructura de las proteínas en música parece complicado, pero si observamos como se construyen y cómo se hace la música, ambas tienen similitudes.

Las cadenas de proteínas se pliegan y ondulan para apoyar su función. “La cuerda de música es con ondas de sonido de tonos más altos y más bajos, tempos y repeticiones. Con algoritmos se puede mapear la cadena de características químicas y estructurales de aminoácidos en una cadena de características musicales.”

En este estudio Chen y sus compañeros se centraron en la música clásica, porque generalmente presenta melodías más ligeras, homofónicas, elegantes y emotivas, estas características sirven como guía aplicable para el mapeo de proteína a música.

Para este experimento se eligieron 18 proteínas pertenecientes a dos grupos. Las primeras 11 eran proteínas que tenían funciones involucradas en la emoción, la cognición, la sensación y la interpretación. Las restantes tenían diversas funciones como la fotosíntesis, fluorescencia, alimentarias y de diferentes enfermedades.

La música producida era compleja, con variaciones notables en el tono y ritmo. Y al no haber dos piezas iguales debido a la cadena de aminoácidos, cada proteína producía una melodía distinta.


Fuentes: News Courier

martes, 19 de octubre de 2021

MAPA PROTEICO


Un sistema de inteligencia artificial revela el mapa más completo de la base de la vida y abre una nueva era en la ciencia.

Las proteínas son macromoléculas orgánicas de cadenas lineales de aminoácidos que llevan a cabo numerosas funciones básicas para la vida, surgen de la información contenida en el ADN de cada célula. Según se pliegan las cadenas de aminoácidos tienen una función determinada u otra, pero esta es difícil de deducir de manera tridimensional, estando formadas enrevesadamente. Y es que es difícil imaginar la forma de la hemoglobina, proteína de la sangre, que tiene como fórmula C2952H4664O8125S8Fe4321.

La empresa DeepMind, fundada en 2010 para impulsar la inteligencia artificial, es un conglomerado de Google que con su sistema Alphafold podría resolver un problema fundamental, puesto que toda dolencia está directamente relacionada con algún tipo de proteína. Cyrus Levinthal afirmó en 1969 que para calcular todas las posibles configuraciones de una única proteína a partir de su secuencia se necesitaría más tiempo que el que ha pasado desde el origen del universo -más de 13.000 millones de años-, pero este sistema lo hace en minutos. Alphafold captura la secuencia de aminoácidos de una proteína y predice su estructura con una precisión similar a la de los experimentos.

El hallazgo ha sido desvelado en la revista Nature y ya se está comenzando a hacer uso de ello. Organizaciones científicas como Iniciativa Medicamentos para Enfermedades Olvidadas lo utiliza para desarrollar nuevos fármacos mientras que la universidad de Portmouth (Reino Unido) para desarrollar una nueva proteína con la capacidad de reciclar plástico

Los fundadores de la empresa planean publicar 100 millones de estructuras, lo que significaría ofrecer gratis la predicción de prácticamente todas las proteínas con secuencia conocida. Esto es lo más justo ya que este sistema ha sido entrenado con recursos públicos creados por la comunidad científica.

Todavía no se ha solventado todo, predecir la estructura de proteínas no resuelve el problema científico de como se pliegan y Alphafold presenta solo un 58% de precisión. Existen imprecisiones en regiones determinadas de las proteínas desestructuradas para adaptarse al ambiente. A esto se le suma que solo predice la molécula aislada, las proteínas suelen interactuar con otras. De igual manera, se le mira con optimismo, consigue acelerar descubrimientos prácticamente en todas las áreas de la biología y el sistema está diseñado para que aprenda solo.

FORMACIÓN DE PLANETAS CON MATERIA ORGÁNICA INCLUIDA

Recientemente una astrónoma chilena ha identificado moléculas esenciales para la vida en los discos protoplanetarios que son regiones donde se forman nuevos planetas.

El doctor John Ilee, investigador de la Universidad de Leeds, el cual fue uno de los que dirigió el estudio, afirma que los hallazgos sugieren que las condiciones químicas básicas que dieron lugar a la vida en la Tierra podrían existir más ampliamente en toda la galaxia. Este estudio es uno de los 20 artículos que informan sobre una importante investigación internacional sobre la química de la formación de los planetas.

Viviana Guzmán, investigadora del Instituto de Astrofísica UC/CATA y la coautora principal del estudio, citó -"Encontramos que el material orgánico (en particular moléculas que tienen nitrógeno, un elemento esencial para la vida), es muy abundante en estas regiones y por lo tanto podría ser incorporado en planetas gigantes o terrestres que se están formando alrededor de estas estrellas que hemos observado".
Esta investigación y estudio se trata del mapeo de composición química más extenso realizado hasta la fecha de discos protoplanetarios.
La astrónoma agrega que si bien se sabía de la existencia de moléculas en estas regiones de formación planetaria, su distribución en el disco no había podido ser apreciada en detalle hasta ahora, ni tampoco la gran diversidad de posibles estructuras químicas. “Las nuevas observaciones tienen una gran resolución espacial (gracias a la excelente capacidad de ALMA mostrada en la imagen superior), por lo que podemos ver un nivel de detalle sin precedente de muchas moléculas, y asociar esto con el lugar donde se están formando los planetas” específica Guzmán.

Si estamos encontrando moléculas como éstas en una abundancia tan grande, nuestra comprensión actual de la química interestelar sugiere que también deberían ser observables moléculas aún más complejas --señala el doctor Ilee--. Esperamos utilizar ALMA para buscar los siguientes peldaños de complejidad química en estos discos. Si los detectamos, entonces estaremos aún más cerca de entender cómo los ingredientes crudos de la vida pueden ser ensamblados alrededor de otras estrellas", concluyó con esto el doctor Ilee de manera entusiasmada.

viernes, 15 de octubre de 2021

¿MASCAS CHICLES O BACTERIAS?

¿ Aquellos chicles que mascamos son saludables? ¿tendrán bacterias? Gracias a los Investigadores del Instituto de Biología Integrativa de Sistemas de Valencia hemos podido descubrir, que efectivamente los chicles mascados contienen bacterias.

Dichos investigadores ganaron uno de los premios Ig Nobel de este año 2021 debido a lo dicho anteriormente.

Los chicles generalmente suelen apreciarse en forma de bola o de pastilla, pero sin embargo, lo más curioso de esto es que es utilizado por el ser humano hace millones de años y se conoce porque eran utilizados para la limpieza de dientes o como adhesivos.

La composición es muy variable : el componente mayoritario es goma de mascar no digerible , a la cual se le añaden: azúcares simples obtenidos por un proceso de hidrólisis enzimática , colorantes y antioxidantes.

Los autores querían caracterizar la composición bacteriana del chicle , empleando técnicas de cultivo y metagenómica ( estudio de comunidades bacterianas) , por lo que cogieron muestras de 5 países , las cuales se despegaron del suelo con una espátula estéril y se guardaron en el laboratorio a -80 grados.

Además de ello, querían estudiar la población y el cambio bacteriano por lo que una mujer de 36 años, se dedicó a mascar chicle durante 30 minutos.

Uno de los chicles recogidos se empleó como control de la microbiota oral ( conjunto de los microorganismos que viven en la boca) y los otros, se pusieron al aire libre hacia el sol, cada semana se recogía uno y se obtuvo el ADN y se secuenció ( metagenómica del 16S rRNA)

Una vez terminado todo el proceso, se dieron los resultados donde se comunicaba que en todos los chicles había alguna bacteria, muchas de ellas eran ambientales que resisten la radiación , necesitan poca disponibilidad de agua , aguantan variaciones de temperatura y el estrés oxidativo. 

Sobre el estudio del proceso de colonización bacteriana, la muestra de control resultó ser similar a la microbiota oral típica de la boca con bacterias, las cuales se fueron disminuyendo con el tiempo. 

A lo largo de las semanas , otras bacterias ambientales fueron aumentando aunque el género bacteriano más abundante en todas las muestras fue Streptoccus ( bacterias de ácido láctico)

Para ver si se podían degradar los componentes del chicle , primero cultivaron muestras , aislaron algunas colonias bacterianas y las caracterizaron por secuenciación de su ADN , después, prepararon un medio de cultivo al que le añadieron un extracto obtenido de los chicles comerciales y finalmente vieron si alguna de las bacterias aisladas era capaz de degradar los componentes del chicle y sí, se encontraron que varias de esas bacterias podían degradar.

Los autores han demostrado que también los chicles pueden albergar potenciales patógenos y que podrían ser vehículo de transmisión de enfermedades.

Esta caracterización de la microbiota del chicle podría emplearse para compararla con la de la boca de una persona, algo que podría tener interés forense para conocer el autor de un crimen por la huella bacteriana que ha quedado en el chicle que tiró en el lugar del asesinato.

Fuente: BBC

martes, 5 de octubre de 2021

LOS MAMUTS PUEDEN AYUDAR A RESTABLECER EL EQUILIBRIO ECOLÓGICO

¿Pueden los mamuts lanudos volver a vivir en la Tierra? Es lo que se ha propuesto un grupo de científicos y empresarios, que ya ha recibido US$15 millones para lograr el cometido.

La empresa Colossal busca desarrollar con ese presupuesto tecnologías de ingeniería genética para crear un híbrido entre el mamut y el elefante asiático, acercándose lo más posible a los mamuts que alguna vez habitaron nuestro planeta.

Una vez logrado este objetivo, el siguiente paso sería poblar partes de Siberia con estos animales, buscando el reequilibrio ambiental.

"Eso marcará la diferencia en el mundo", dijo el biólogo George Church, de la Facultad de Medicina de la Universidad de Harvard, en Estados Unidos, en una entrevista con el diario estadounidense The New York Times.

Durante los últimos ocho años, Church ha pasado gran parte de su tiempo gestionando el proyecto con otros entusiastas de la idea. El punto de partida de su trabajo es el material genético de restos congelados de mamuts que murieron hace muchos milenios.

Pero también hay quienes se oponen a la idea, citando problemas éticos en el rescate de animales gigantes de la extinción. También preocupa la imprevisibilidad de saber cómo se comportarían estos mamuts en la Tierra hoy día.

"Hay muchísimos problemas con los que se encontrarán en el camino", manifestó Beth Shapiro, paleogenetista de la Universidad de California, también al diario The New York Times.

La idea de traer de vuelta a los mamuts lanudos fue expresada por primera vez por Church en 2013. En ese momento, los investigadores estaban estudiando fragmentos de ADN encontrados en fósiles, en un intento de reconstruir genomas de especies extintas.

Church, quien estudia nuevas formas de leer y editar el ADN, se preguntó: ¿es posible revivir una especie extinta adaptando el genoma de un pariente que existe en la actualidad?

Consideró los mamuts los mejores candidatos porque son antepasados ​​cercanos a los elefantes asiáticos: comparten un antepasado común que vivió hace unos 6 millones de años.

Además, el ADN de mamut se puede encontrar fácilmente en Siberia.

El biólogo explica que los mamuts también pueden ayudar a restablecer el equilibrio ecológico: el calentamiento global ha provocado un aumento de las temperaturas en la tundra de Siberia y América del Norte, lo cual ha generado una liberación acelerada de grandes volúmenes de dióxido de carbono.


En la tundra siberiana actual, la mayor parte es musgo, pero en la época de los mamuts, había pastos.

Los biólogos creen que el mamut sirvió como guardián de este ecosistema, manteniendo los pastos, despejando el musgo, rompiendo árboles y dejando abundantes excrementos que fertilizaron el suelo.

Si regresaran estos animales, todo esto podría recuperarse y contener las emisiones de dióxido de carbono, argumentan.

Los animales extintos pueden volver a la vida de dos formas: clonación e ingeniería genética.

Hay muchos restos bien conservados de mamuts en el permafrost siberiano, pero su ADN a menudo se daña debido al largo tiempo de congelación.

Los científicos ya han descifrado el genoma del mamut, pero no han podido obtener la cadena genética completa tal y como era cuando existía el animal.

Aquí es donde el segundo método de resurrección puede resultar útil, la llamada tecnología de edición de genes CRISPR.

En él, los genes específicos que permitieron a los mamuts sobrevivir en latitudes altas se insertan en el genoma de su pariente vivo más cercano, el elefante asiático.

Luego, el genoma modificado se implanta en un óvulo de elefante fertilizado, que se implanta en una madre de alquiler de elefante. A partir de ahí, se espera que nazca un híbrido de elefante y mamut.

Por supuesto, existen grandes dificultades, como el hecho de que los científicos no saben con precisión qué genes se necesitan para sobrevivir en el Ártico.

Saben que el animal debe estar cubierto de piel, tener un cráneo ovalado y una capa gruesa de grasa subcutánea, pero todo lo demás es una incógnita.

Actualmente, casi un millón de especies de plantas y animales están en peligro de extinción.

Según Lamm, si el proyecto Colossal tiene éxito, abrirá el camino para la "salvación genética" de varias especies.

Se refiere al proceso de incrementar la diversidad genética de una especie en peligro de extinción mediante la clonación o la ingeniería genética.

Lamm asegura que el proyecto de los mamuts es una especie de "ensayo clínico".

Incluso si este gigante no "regresa" a la Tierra, a lo largo del camino se desarrollarán tecnologías que podrían evitar que las especies se extingan. Y estas se autorizarán y comercializarán.

Por ello, el proyecto para resucitar al mamut puede verse como una especie de incubadora para el desarrollo de ingeniería genética y de propiedad intelectual, lo cual es probablemente más fácil que ver nacer a un mamut lanudo vivo.

Fuente: BBC

NUEVA BACTERIA QUE CONVIERTE LO QUE COME EN ORO

Un par de investigadores de la universidad de Michigan, Kazem Kashefi, profesor de microbiología y Adam Brown, profesor de asignaturas relac...